Baqir ləqəbilə tanınan 5-ci İmam Muhəmməd ibn Əli Zeynülabidin (ə) hicri təqvimilə 57-ci ildə Mədinə şəhərində dünyaya gəlib. Atası 4-cü İmam Zeynülabidin, anası isə İmam Həsənin (ə) qızı Ümmü Abdullah olub.
İmam Baqir həm ata, həm də ana tərəfindən Həzrət Əli (ə) və Həzrət Fatimənin (ə) nəslindəndir. İmam Baqirin həyatının ilk dörd ilə yaxını babası İmam Hüseynlə (ə) bir dövrdə keçib. Tarixdən bəlli olduğu kimi, Aşura hadisəsindən sonrakı dövr İslamın və Əhli-Beytin (ə) ən çətin məqamları sayılır. Dövrün zalım hakimlərinin davamlı təzyiqləri, sui-qəsdlər daha da artır. Eyni zamanda, əməvilər arasında da ziddiyyətlər daha da dərinləşir və saray qovğaları genişlənir. Belə bir ziddiyyətli və çətin dövrdə yaşamış İmam Baqir (ə) İslam elminin yaşayıb güclənməsi üçün böyük işlər görür və demək olar, sonradan böyük bir silsiləyə çevriləcək İslam elmi məktəbinin əsasını qoyur. Zürarə ibn Əyun, Məhəmməd ibn Müslim, Əbu Bəsir, Bureyd ibn Müaviyə Əcli, Cabir ibn Yezid, Həmran ibn Əyun, Hişam ibn Salim kimi İslam elminin böyük nümayəndələri İmam Baqirin (ə) yetirmələri olub.
Peyğəmbər (ə) dövründən İmam Baqirin (ə) zamanına qədər yaşamış məşhur səhabələrdən olan Cabir ibn Abdullah Ənsari rəvayət edir ki, bir gün Peyğəmbər (s) ona buyurub: «Məndən sonra nəslimdən olan, adı və görünüşcə mənə oxşayan bir şəxs görəcəksən. O, elm qapılarını xalqın üzünə açacaq. Mənim salamımı ona yetirərsən». Həmin hadisədən çox illər keçəndən sonra Cabir ibn Abdullah Mədinə küçələrində İmam Baqiri (ə) görür. İmamı tanıyandan sonra Cabirin yadına Peyğəmbərin (s) hədisi düşür. Bu hadisədən sonra səhabə Cabir hər gün İmam Məhəmməd Baqirin (ə) ziyarətinə gedər və Peyğəmbərdən (s) eşitdiyi hadisəni danışarmış.
